Открываем пуск, далее в строке поиска набираем команду cmd и нажимаем "Enter"

В открывшемся окне набираем команду: 
diskpart, далее команду list disk.

Следующим шагом, введите команду select disk N, где N - номер флешки, из открывшегося ранее списка. При успешном выборе, появится сообщение выбран диск N.
Важно не ошибиться с выбором, указанного раздела,так как в результате выполненных действий данные будут удалены.
Вводим команду clean, которая удалит все разделы на флешке. При завершении, увидите сообщение "очистка диска выполнена успешно".  Можно удалять их и по одному с помощью list partition, select partition и delete partition.
С этого момента на USB нет разделов, и вы можете его отформатировать стандартными средствами Windows, получив в результате один основной раздел. Но можно продолжить использовать DISKPART, все команды ниже создают один активный раздел и форматируют его в FAT32.
create partition primary
select partition 1
active
format fs=fat32 quick
assign
exit

все готово!